Le fonds pour le Financement et l'Aménagement de l'Infrastructure Ferroviaire (FAIF) a été créé en tant que contre-projet à l'initiative de l’ATE «pour les transports publics». En tant que parent spirituel du FAIF, l'ATE a donc analysé attentivement le projet que la Confédération a mis en consultation, de concert avec ses sections cantonales. L'ATE s'estime globalement satisfaite du projet et souligne l'importance de garantir à long terme la compétitivité du transport de voyageurs et de marchandises par le rail. Selon les estimations de la confédération, la mobilité en Suisse va continuer à croître de façon importante durant les prochaines décennies. Cette croissance doit être absorbé par les chemins de fer, si l'on veut respecter les engagements pris avec les Accords de Paris en matière de protection du climat. Aujourd'hui déjà, plus de 40% des émissions responsables du changement climatique sont issues du domaine de la mobilité en Suisse.
La Confédération a proposé deux variantes d'aménagement, la première dotée de 7 milliards de francs à l'échéance de 2030, l'autre de 11,5 milliards pour 2035. Parmi ces variantes, l'ATE a donné sa préférence à la deuxième, car elle seule permet de résoudre les problèmes de capacité les plus importants. Néanmoins, elle regrette que les propositions d'alternatives aux tunnels du Brütten et du Zimmerberg II n'aient pas été retenues dans les analyses approfondies. Ces deux ouvrages sont en effet très coûteux et engloutiront à eux seuls le tiers des moyens financiers de l'étape 2035. Un aménagement des lignes existantes permettrait d'atteindre des gains en capacité équivalents, pour un coût bien inférieur et une réalisation plus rapide. L'argent épargné pourrait être utilisé pour financer d'autres infrastructures (comme l'aménagement complet du tunnel de base du Lötschberg ou la ligne nouvelle Neuchâtel – La Chaux-de-Fonds), tout en répartissant mieux les investissements sur l'ensemble du territoire suisse.
L'ATE souligne également l'importance de garantir le transport de marchandises par le rail. Les investissements consentis en ce sens permettront de faire circuler davantage et plus rapidement les trains cargo, sans que cela entrave le transport des voyageurs. L'ATE exprime en revanche son inquiétude par rapport aux coûts de l'entretien du réseau ferroviaire, également financé par le fonds FAIF: le retard cumulé durant les dernières décennies n'as pas encore pu être rattrapé et la situation restera critique avec la construction de nouveaux tunnels. De même, les nouvelles technologies et la digitalisation de la société offrent de nouvelles perspectives pour la gestion de la mobilité, qui n'ont malheureusement pas été prises en compte.
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